壳寡糖的结构由于氢键类型不同而有三种结晶体:
第一种是α-壳寡糖,由两条反向平行的糖链组成,
第二种是β-壳寡糖,由两条同向平行的糖链组成,
第三种是γ-壳寡糖,由三条糖链组成,两条同向,一条反向。结晶状态不同,物理化学性质也不同,甚至有很大差别。
α-壳寡糖是从虾蟹等海洋动物的壳中提取出来的,采用脱酸、脱钙、脱去乙酰基等一系列方法萃取获得。
研究发现,α形式和β形式,它们可以通过红外光谱、固相核磁共振光谱和X射线衍射加以区分。经过详细的分析,人们也发现第三种异构体γ-壳寡糖,它只是α-壳寡糖的另一种形式。
β-壳寡糖在强酸介质中,如HNO3和6~8mol/L HCl中,就会不可逆地转变为α-壳寡糖,β-型到α-型的转换是通过结构中物质的收缩而完成的,说明了α-壳寡糖比β-壳寡糖的热力学更稳定。